Très vite, elle perçoit la nécessité de créer une JOC pour les femmes, leur permettant de s’émanciper en « participant à la naissance d’une autre église », selon ses propres mots. Elle reprend le modèle de la JOC masculine et crée la première section de la JOCF le 26 février 1928. Très rapidement, d’autres sections se mettent en place en région parisienne. L’abbé Guérin lui propose alors d’être la première Présidente de la JOCF, toutes sections rassemblées. Pour mener à bien sa mission, elle va à la rencontre des ouvrières et prend le pouls de leurs conditions de travail et de vie.

L’essor de la JOCF est incroyable : on compte 180 000 adhérents en 1939 et Jeanne Aubert préside avec l’abbé Guérin le 10e anniversaire de la JOC en 1937. Pendant la seconde guerre mondiale, Jeanne Aubert ne renonce pas à son combat. Dès juillet 1940, elle est appelée par l’abbé Guérin, pour représenter la JOC aux réunions du Secrétariat d’Etat à la Jeunesse de Vichy, avec pour mission de lutter contre la formation éventuelle d’un mouvement unique de la jeunesse, comme en Allemagne nazie. En 1941, elle entre dans le Mouvement populaire des familles avec son mari et lance à Lyon les Aides familiales du milieu populaire. En 1944, elle fonde la première école de formation des Aides familiales.

Après la guerre, le travail et les compétences de Jeanne Aubert sont largement reconnus. Elle est élue membre du Conseil d’Administration de l’UNAF et membre du CESE pour y représenter les familles. De 1958 à 1962, elle est en outre chargée de mission auprès du Ministère du logement et de l’urbanisme pour y exprimer les désirs des mères de famille. Elle devient également, pendant 10 ans et jusqu’à sa retraite en 1974, Présidente de l’UFC-Que-Choisir.